创建于1947年5月4日，时称关东医学院，是中国共产党为适应人民解放战争和新中国建设对医学人才的急需在解放区创办的第一所正规医科高校。1949年，关东医学院与大连工学院等一起并入新成立的大连大学，成为大连大学医学院。1950年大连大学撤销后独立为大连医学院，从此正式成为五年制医科高校。50年代学校云集了一批老一辈医学科学家和医学教育家，如中科院院士（当时称学部委员）沈其震、魏曦、吴汝康，药理学家张毅、生理学家吴襄等，大连医学院以雄厚的师资力量，严谨的教风学风和高质量的毕业生享誉全国，为国家输送了大批优秀的医学人才。1969年，学校奉命南迁贵州省遵义市成立遵义医学院。

1978年，在中央领导同志的关怀下和省市领导的积极支持下，大连医学院终于在原址得以复办。大医人继承和发扬了“团结、严谨、求实、创新”的优良校风，面对困难，不畏险阻，从头做起，以极大的热情投身于学校的复建，学校得到了迅速的发展。从80年代中期开始，大连医学院已成为一所多学科、多层次、提高型的高等医科学校，被确定为辽宁省省属重点高校之一。随着国家改革开放步伐的不断加快，特别是邓小平南巡讲话以来，学校的各项工作又取得了长足发展。1994年1月，经国家教委批准，学校正式更名为 。现已发展成为以医学为主，理学、工学、管理学、艺术学、法学和哲学等多学科发展的医科大学。

2007年8月，学校搬迁至旅顺新校园。新校园位于辽宁省大连市旅顺南路西段9号，占地面积151万平方米，建筑面积53.2万平方米。学校固定资产总值71.47亿元，设备总值30.98亿元。实体馆藏114.66万册，电子馆藏187.25万册，包括检索类、期刊全文类、电子图书、多媒体资源、学习考试类资源等数据库63种。现有二级单位50个，其中，教学、科研单位23个、管理部门20个、教辅部门6个，独立学院1个。现有附属医院15所，其中，直属附属医院3所，非直属附属医院12所。

（2022年3月更新）